El auditorio del MACCO lleva su nombre. Acá una reseña biográfica tomada del historiador Rodolfo Pérez Pimentel.
Manuel Villavicencio nació en Quito en Octubre de 1.804. Creció en un ambiente de arte y cultura aprendiendo las primeras letras de su madre. En 1.824 ingresó a la Universidad Central donde siguió los cursos de Farmacia y Química. El 20 de Marzo de 1.832 pasó a la facultad de Medicina y como aficionado a la investigación botánica realizó numerosos viajes fuera de Quito que impidieron la terminación de sus estudios.
En 1.846 y movido de su afán aventurero realizó un viaje de un año por Archidona cuyos detalles se han conservado a través del Informe escrito en el Napo al Presidente Vicente Ramón Roca, haciéndole conocer sus observaciones sobre la Geografía e Historia Natural de esas regiones. De regreso se trajo un herbario, animales, insectos y fósiles, parte de lo cual obsequió a Roca instalando el resto en Yavirac.
Luchaba inútilmente porque se abrieran caminos hacia el oriente, pero era tal la pobreza del erario que pese a las buenas intenciones presidenciales el proyecto no pudo realizarse. En 1.852 el Presidente José María Urbina le designó Gobernador de aquellas provincias. Villavicencio comenzó un Cuadernito de apuntes y utilizó los escasos fondos conque contaba para construir caminos, puentes y otras obras públicas que facilitaron el ingreso a la zona. Fueron famosos los puentes de tarabita, también abrió rastrojales y recolectó insectos y plantas medicinales, arrostrando diversos y variados peligros. El 53 probó la ayahuasca, planta alucinógena que le produjo ensueños agradables y luego terroríficos. La Ayahuasca era muy usada por los yachag y sabios indígenas para contactar a los espíritus ancestrales. Villavicencio fue el primer científico americano en probar sus efectos oníricos y relatar las consecuencias.
Su cuadernillo, comenzado antes del año 52 que viajó por segunda ocasión al oriente, debía remitirlo al polígrafo italiano Adrián Balbi «geógrafo apreciado como eminencia mundial y ansiosísimo por obtener y recopilar datos del Ecuador a objeto de publicarlos en un segundo compendio de su Geografía Universal, pero habiendo muerto en 1.848, quedose Villavicencio «con el olivo en ciernes».
Era un apasionado Patriota, se esforzaba por defender nuestra integridad amazónica, luchando por el mejoramiento de la vida de su gente; sin embargo no estudió el valor medicinal de las plantas o si lo hizo, sus estudios no han podido llegar a nosotros.
Su fortuna, que no había sido escasa, se veía muy disminuida y amenazaba terminar. Quizá por eso regresó a Quito y buscó un trabajo estable que le provea de recursos para escribir una «Geografía del Ecuador», obra que ya tenía esbozada, pues había trazado varias cartas Geográficas muy primitivas
En 1.860 editó en Valparaíso un «Apéndice a la Geografía del Ecuador y defensa de los Terrenos Baldíos en 73 págs. de texto y un Mapa, con noticias etnográficas y sociológicas de las tribus indígenas de la Amazonía, a fin de establecer nuestros derechos territoriales frente a los países vecinos.
En 1.865 dio a la luz en la Imprenta Nacional la «Memoria leída en la incorporación a la Academia Nacional de Quito el 8 de Diciembre de 1.864». Después asistió como Diputado al Congreso Nacional y falleció de 67 años en Quito, el 12 de Enero de 1.871, cuando aún podía esperarse mucho más de su amplio talento e ilustración.
Su Geografía del Ecuador está dividida en tres capítulos: l) Generalidades de la Geografía Física con descripciones del globo, posiciones astronómicas, accidentes geográficos, etc. 2) Geografía antes de la conquista española donde reproduce muchos párrafos de la obra del Padre Juan de Velasco, S.J. y 3) Geografía Descriptiva, con los tres Distritos y sus Cantones, Parroquias, Anejos y Ciudades, Noticias Etnográficas, Planos y Litografías de ciudades, Planos y una de su rostro.
La Geografía se imprimió al mismo tiempo que la «Carta Geográfica de la República del Ecuador», su suplemento, editado en la Imprenta de F. Mayer y Cia. New York. Escala 1:1.350.000 aproximadamente, «delineada en vista a otras Cartas más antiguas como las de Pedro Vicente Maldonado, el Barón de Humbolt, Sebastián Wisse y las de Sondeo de las Costas M. Fritz Roy y H. Kellet y «las particularidades del autor», que fuera duramente criticada por Richard Spruce en 1.861 cuando estuvo en nuestro país, pero fue la única Carta Geográfica que tuvimos para la instrucción pública hasta que apareció la muy completa y exacta del Dr. Teodoro Wolf.
Por el hallazgo de varios fósiles y tiestos se le considera el fundador de los trabajos paleontológicos y arqueológicos en el Ecuador y por su Geografía y la Carta Geográfica ha pasado a la historia nacional como uno de los mayores científicos del siglo XIX, más que como un simple anticuario.