El Directorio
El directorio del MACCO está conformado por las siguientes instituciones: Gobierno Autónomo Municipal de Orellana, Vicariato Apostólico de Aguarico, Fundación Alejandro Labaka, Ministerio de Cultura y un representante de la Sociedad Civil de Orellana.
El Gobierno Autónomo Municipal de Francisco de Orellana, GADMFO, es la institución propietaria del MACCO y, como tal, es la institución que preside el Directorio. Su representante, la Alcaldesa de Francisco de Orellana, Señora Shirma Cortés Sanmiguel.
El Vicariato Apostólico de Aguarico ha sido, desde los años setenta, custodio de la colección más importante de arqueología encontrada en el nororiente del Ecuador. La colección de más de 300 objetos fue entregada al MACCO como su contribución a la difusión y rescate de la cultura amazónica y pasándole el testigo de la custodia del patrimonio. El Vicariato ha realizado muchas publicaciones sobre el rescate cultural amazónico –crónicas, cuadernos de difusión cultural, investigaciones, textos de denuncia, material pedagógico- que le dan aún más valor al patrimonio arqueológico entregado al MACCO. El representante del Vicariato es Monseñor Adalberto Jiménez.
La Fundación Alejandro Labaka tomó la posta de los temas de investigación y rescate cultural realizado por CICAME (Centro de Investigaciones Culturales de la Amazonía Ecuatoriana) y el Vicariato de Aguarico. La Fundación nació en el año 2003 y, desde el 2009 realiza una importante labor de gestión cultural en Orellana. Desde proyectos de cooperación para el desarrollo, la Fundación Labaka se encargó del museo etnográfico de Pompeya, de las exposiciones temporales previas a la construcción del MACCO, de la formación y capacitación de personal y de organizar los primeros eventos culturales que se desarrollaron en el auditorio. Su representante es Jesús García Las Heras.
La Sociedad Civil de Orellana está representada actualmente por señor Héctor Vargas , designado por el sector turístico del cantón Francisco de Orellana, tomando en cuenta la experiencia en el desarrollo turístico de la provincia, así como la preocupación por la conservación del medio ambiente.